Shy a grandi un peu après avoir lutté contre les « Amalareik » ; dirigé par le mystérieux garçon Stigma. À son retour au Japon, elle rencontre une fille nommée Ai Tennouji qui s’est enfuie de son village ninja. Ai dit à Shy qu’elle a quitté le village pour chasser un membre des “Amalareik”. Pendant ce temps, un incident se produit au cours duquel Tokyo est soudainement enveloppée dans une boule noire et disparaît. Les héros sont envoyés pour sauver Tokyo.
(Source : Site officiel, traduit)